Az egyik vitatott eset a Nemzeti fejlesztési terv Agrár- és vidékfejlesztési operatív programjához kötődik, amely 2004-2006-ban volt érvényben. A mai brüsszeli kifogások végső soron egy korábbi áfaszabályozási gyakorlatra, mégpedig az úgynevezett áfaarányosítási előírásra vezethetők vissza.

Ennek leegyszerűsített lényege, hogy a pénzügyi tárca "nem engedte visszaigényelni" a piaci szereplőknek az általános forgalmi adó egy részét azokban az esetekben, amikor tevékenységeikhez, beruházásaikhoz nemzeti vagy uniós támogatásokat használtak fel.

Az akkor 25 százalékos áfa elvesztése jelentősen rontotta volna az igénylők fejlesztési pozícióit, ezért 2005-ben úgy módosult a szabály, hogy a támogatásokat nem a pályázatokban szereplő nettó összeg, hanem az áfával növelt bruttó érték alapján lehetett igényelni. Így a piaci szereplők a beruházások áfatartalmára is uniós és nemzeti forrásokat kaphattak. Információik szerint a mostani tárgyalások tétje az lehet, vissza kell-e fizetnie a magyar államnak (vagy a jogosultaknak) az áfarészre eső EU-támogatásokat.